Maģistra darba izstrāde ir maģistra profesionālās studiju programmas „Muitas un nodokļu administrēšana” obligāta sastāvdaļa līdz ar šīs studiju programmas laikā sekmīgi nokārtotiem studiju kursiem. Maģistra darbs atspoguļo kvalificētu, zinātnisku, publiski aizstāvamu pētījumu par aktuālu muitas un nodokļu administrēšanas jomā izvēlētu tematu. Maģistra darba izstrādāšana un aizstāvēšana ir atbildīgs un noslēdzošs posms maģistru sagatavošanā. Maģistra darbā tiek atspoguļoti oriģināla pētījuma rezultāti un tas nedrīkst aprobežoties tikai ar citu autoru publicētu materiālu kompilāciju. Maģistra darbs ir patstāvīgs pētījums un par to, cik sekmīgi šis darbs ir izstrādāts, atbild darba autors, ko apliecina ar savu parakstu.