Uzņēmuma lietotnes izmanto uzņēmumu biznesa procesu īstenošanai. Parasti tās ir darbderīgas lietotnes, kuru ieviešanas procesā tās ir nepieciešamas pielāgot uzņēmuma vajadzībām. Studiju kursā tiek aplūkota nepieciešamo pielāgojumu identificēšana un tehnoloģijas, kas tiek izmantotas pielāgojumu izstrādei. Uzņēmumu lietotņu modificēšanā izšķir to datu, biznesa loģikas un prezentācijas slāņu modificēšanu. Studiju priekšmetā tiek aplūkota izmaiņu veikšana visos minētajos slāņos. Atsevišķi uzmanība tiek pievērsta uzņēmumu lietotņu integrēšanai, aplūkot gan uzņēmuma lietotņu savstarpējās integrācijas pamattehnoloģijas, gan trešās puses paplašinājumu izstrādei un integrēšanu uzņēmuma lietotnēs. Studiju kursā tiek izmantota “Microsoft Dynamics AX” uzņēmuma lietotne.